Da mesma forma que muitos outros, Canguçu tem seu nome de origem indígena. Seguindo o vocabulário "al-za" significa "cabeça" e "guaçu" é "grande", sendo "Cabeça Grande". A causa dessa estranha denominação foi um tipo de onça que havia na região e possuía a cabeça muito grande.

Essa região, como tantas outras do nosso Estado, teve seu povoamento prejudicado pela luta entre portugueses e espanhóis pelo Rio Grande do Sul e Uruguai. Por   esse motivo, após o ano de 1777 foram distribuídas as sesmarias.

 

A sede iniciou seu povoamento em 1739. Ao redor de 1830, a atividade predominante era a pecuária, havendo um início de agricultura. Pela segunda vez, a zona sofreu, quando suas terras foram palco de lutas da Guerra dos Farrapos. 

Em 1857, foi desmembrado do município de Piratini, quando se instalaram os órgãos necessários para constitui a sede do município. No século atual, a agricultura superou a pecuária, recebendo inclusive imigrantes alemães e italianos.